根据该区情况，设立6个管护队和一个观察站：
福瑶列岛海岛生态系统保护区管护队；
日屿岛海岛生态系统保护区管护队；
福宁湾尖刀蛏繁育保护区管护队；
西洋岛海域龟足繁育保护区管护队；
台山列岛厚壳贻贝繁育保护区管护队；
官井洋大黄鱼繁殖保护区管护队；
福安白海豚观察站
机构示意图：
组织机构
